Intermediae cuenta con dos naves diáfanas que se transforman según las necesidades de los proyectos y las plataformas de trabajo que albergan en cada momento. La nave 01 más cercana al hall de Matadero sirve, además, de nodo informativo de las actividades en curso, de los proyectos en marcha, y de los agentes implicados en los distintos procesos que acontecen. La nave 02 alberga el espacio de Estación Futuro y acoge los proyectos en curso y los espacios de trabajo para dichos proyectos.